1992年，宫崎骏以《红猪》表现了自我的追求，虽然是成人的故事但一样得到青少年观众的喜爱。带着激情在蓝天碧波间畅游，拥有名望和荣誉，却也有孤独和悔恨。这就是波鲁克·罗索，亚德里亚海上的红猪，也就是宫崎骏自己的写照吧。

1995年，被认为是ＧＨＩＢＬＩ的实验剧场的《ＯｎＹｏｕｒＭａｒｋ》、由恰克与飞鸟的歌曲制作的短篇作品在“ＳｕｐｅｒＢｅｓｔ３”放映。讲述了在被放射能污染的世界，两个青年把有翅膀的少女送上蓝天的故事。但宫崎骏想要表现的并不是“拯救”，而是“自己的希望”，这是最能触动人心的东西。

1997年7月12日公映《幽灵公主》，至次年2月共上映184天，票房收入179亿日圆，全国观众三千万人次，主题曲由久石让作曲，宫崎骏作词，米良美一演唱，单曲专辑当年发行38万张。其实从1980年起，宫崎骏就开始策划一部有关“少女爱的物语”，1995年终于全心投入制作，成本总计２０亿日圆。最后半年中，右手因过度疲劳，不得不一边接受按摩治疗一边工作。《幽灵公主》就此成为宫崎骏的封笔之作。随后宫崎骏宣布退出ＧＨＩＢＬＩ。

1998年迪斯尼买断了ＧＨＩＢＬＩ在海外的版权，《幽灵公主》在全美及欧洲市场公映。

1999年STUDIO GHIBLI自《幽灵公主》之后，经过了两年时间，推出了继《龙猫》后又一漫情小品——《邻居家的山田君》。这是一部漫不经心而有趣的家庭喜剧。

2001年自《幽灵公主》后宣布退休的宫崎骏终于放不下动画的诱惑，撤回封笔宣言，并宣布筹拍一部以21世纪人口和环境问题为背景的作品。于是有了《千与千寻》，这部上映后两个月即成为日本电影史上票房最高，创下无人可及纪录的电影。7月公映的《千与千寻》叙述了千寻的一个生活小片段，讲述她在面对困难时，如何逐渐释放自己的潜能，克服困境。这正是宫崎骏要观众明白的。宫崎骏自己也认为这是一部有别于他以往其他故事的影片，以往，他笔下的主角都是他所喜爱的，但这次宫崎骏刻意将千寻塑造成一个平凡的人物，一个毫不起眼的典型十岁日本女孩，其目的就在于要让每个十岁女孩都从千寻身上看到自己。她不是一个漂亮的女孩儿，也没有特别吸引之处，而她那怯懦的性格，没精打采的神态，更是惹人生厌。最初创造这角色时，宫崎骏还曾有点替她忧心，但到故事将近完结时，他却深信千寻会成为一个讨人喜欢的角色。

2002年宫崎骏在三鹰市成立了“吉卜力美术馆”，这是所有宫崎骏影迷都渴望参观的地方，但是宫崎骏却希望来的人数少一点才好，这样大家在参观的时候更能好好欣赏。虽然是盖美术馆，其实感觉像在制作一部新电影，必须要做很多新的东西才行，其实是相当大的工程，而且即使目前完成，也并不代表结束，必须一直继续下去才行。宫崎骏也为自己定下一个2004年夏天的目标，因为由于经济萧条、环境问题、人口膨胀、恐怖行动及战争等种种事情，人们会有对未来不安及对未来无法抱有什么希望，他相信这样的情况，到2004年夏天会更明显。所以孩子们到时候会产生的不安、疑惑和好奇心，必须要做能解开那些疑问的东西才行。宫崎骏强调：“在那样的情况下，那些活在当时的孩子们，我们应该给他们什么样的电影，这次我必须抱着这想法去做。”

2004年冬推出新作《哈尔的移动之城》。改编自英国的人气儿童小说家“黛安娜·W·琼斯的《魔法使哈威尔与火之恶魔》”。这是继1990年《魔女宅急便》后，宫崎骏又一部带有浓厚原著色彩的作品。这部剧场版动画以战争前夜为背景，描述住在小镇的三姐妹，其中的大姐苏菲是位制作帽子的专